《超级大坏蛋》是一出颠覆漫画英雄电影的动画片。按照传统，超级英雄与超级坏蛋一个代表正义、一个代表邪恶，正义终究战胜邪恶，但在这部动画片里，超级坏蛋“Megamind”（威尔·法瑞尔 配音）却最终打败了超级英雄“Metroman”（布拉德·皮特 配音）。不过没有了对手的日子相当枯燥，“Megamind”于是就自己造了一个超级英雄“Titan”（乔纳·希尔 配音）出来。
故事从超级坏蛋Megamind（威尔·法瑞尔 配音）和超级英雄Metroman（布拉德·皮特 配音）的童年时代讲起，从尚在襁褓之时起他们就结下了梁子，开始了谁也不服谁的生涯（显然在恶搞《超人》）。一个要代表正义，一个就硬要邪恶。
　　在故事其后的发展中，邪恶战胜了正义，超级坏蛋Megamind打败了超级英雄Metroman。然后，他却发现没有了对手的日子相当寂寞，于是，Megamind自己造了一个超级英雄Titan（乔纳·希尔 配音）出来。可郁闷的是，新英雄的梦想却是做一个超级大恶人。而此时，女记者罗克珊（蒂娜·菲 配音）站出来对众人说：当我们说收到威胁的时候谁会站在我们身边？谁能前来保护无辜者？答案是：Megamind。这下超级大坏蛋更郁闷了……
　　麦克迈是个超级大坏蛋，多年来他一直想要征服超级城市，可是每次都被他的死敌超级大英雄——市超人打得一败涂地。然而有一天，麦克迈在进行他的邪恶计划时，意外杀死了所向无敌的城市超人。这下子麦克迈失去了生命的目标，超级大坏蛋少了超级大英雄这个对手，他这才发现达到最大的目标却是他人生的一大惨剧。
　　于是这个邪恶天才想到脱离困境的唯一办法，是创造一个新的超级对手叫做泰特。这个对手要比城市超人更巨大，更厉害而且更强才行。可是过不了多久泰特就发现当坏人比当好人好玩多了，他不只是想控制世界他还想摧毁世界。麦克迈必须做出决定，他能打败自己创造的怪物吗？这个世界上最聪明绝顶的人这次会不会做出明智的决定呢？这个邪恶天才能够扭转局势，创造历史，并成为英雄吗？