引子很简单，八年前，在新潟的一个叫做北泽的小村庄，一名名叫立原冬马的小学一年级孩子被我们所熟悉的“谜之黑影”追赶，慌慌张张 地在雪地上逃命，结果脚一滑跌下山坡，血流满面地昏死过去。黑影见状离开。
　　接着就是电影标题《沉默的十五分钟》，然后是万年不变的介绍，大家看以前的剧场版即可，唯一更新的是关于滑板，嗯，这货又进化了，变成雪地旱地两用了。自不必说，是为了适应这次剧场版的背景，那个白雪皑皑的北国。
　　随着柯南经典的pose和“真相只有一个”，正戏开始。
　　在列车东都线开通的几日前，警方得到了恐吓东京都知事的恐吓信，说是要知事为曾经的胡作非为付出代价。因此在东都线开通庆典当日，目暮警部、白鸟、佐藤、高木，甚至小五郎都去做保镖。而另一边，柯南灰原还有少年侦探团，当天也跟博士一起出游。当然了，柯南的心思在恐吓事件上，一路上目不转睛地盯着手机的电视直播。可惜一进隧道，手机没信号了。
　　这时候知事和一干保镖们搭乘了首发列车。隧道的列车道在上，柯南他们所在的汽车道在下，也就是列车在柯南他们的头上跑。过隧道的时候，柯南忽然发现路边站着一个可疑的黑影拿着一个不明物体，因为车速关系一闪而过。但联想到恐吓信以及头上的列车，柯南怀疑是恐吓者要引爆隧道，手里拿的自然是引爆器。由于隧道内不能回转，博士不得不将车开出隧道后在高速公路边停下。柯南立刻将元太推下车，然后踏着滑板在车流中逆向穿梭，一边穿梭还一边打电话给目暮警部，用新一的声音要求立刻停车。当然列车闻讯紧急刹车，而柯南又举着滑板拦在路中间，将车流堵在爆炸区域之外。十五秒后炸弹引爆，列车尽管紧急停车依然被爆破流带着冲出隧道，在高速公路横冲直撞好几百米才停下来。总之，这段还是很有冲击力的。
　　之后是例行记者招待会。因为新一一如既往要求低调，所以白鸟说打电话叫停车的是警方协力者。柯南的举动，被说成受毛利小五郎的指导，嗯，当然毛利本人坐在旁边一头雾水，至于犯人，除了不明，不明，还是不明，各种不明。
　　一帮孩子也在博士家里边吃点心边看记者发布会，三个小孩还在埋怨没提到少年侦探团。柯南根据知事的资料，得知知事还在国土交通省的时候，曾经负责在新潟北泽村修建大坝。因为亲民和善的作风，几乎所有村民都同意迁移。只有一个人从头至尾反对。柯南怀疑恐吓事件与该村有关，打算去北泽村调查。三个小孩也闹着要去，灰原说如果博士去她也去——因为要“监视”博士的饮食。结果最后，不仅一帮孩子和博士去了，小兰园子毛利大叔也去了。
　　银白色的北国，疯玩，疯吃，外加博士的冷谜题。柯南独自去事务所，要北泽村和大坝的地图。在事务所碰上两名男子也来索要地图，其中一名男子不小心将电击棒掉落在地。男子捡起来的时候解释自己经常出行野外，用来防身。柯南回去的时候，发现元太居然吃撑了去医院。女医生立原冬美开了药。众人离开后，冬美进入房间，静静地看着昏睡在床上的少年。
　　晚上，毛利大叔满怀欣喜地去泡混浴温泉，却错把猕猴当美女。小兰园子还有小盆友们则去买礼物。孩子们兴奋地讨论给小林老师带什么，熊馒头还是纪念手袋。灰原则拿起一个印有天鹅的口杯。原来反面印的字是“我爱白鸟（天鹅）！”白鸟警部和小林老师顿时打了个喷嚏。
　　在园子的怂恿下，小兰打电话给新一，问问想要什么礼物。柯南急急忙忙逃出去躲在树下接电话。于是两人背靠背地打手机。柯南蹲在树下，在雪地上写下了小兰所说的三种礼物“熊馒头，手袋，天鹅杯子”。然后柯南说那就手袋吧，说着在手袋那行字上画了个圈。 　　正聊着，三个孩子忽然兴奋地冲出旅馆。柯南马上一句“回头再聊”挂了电话。刚追出去不远，忽然想起那三行字没擦，回去已经来不及了。小兰站在树下，对着那三行字呆呆地站了许久。 　　
画面一转，三个孩子居然去玩雪橇车！还飞出去了！开出村子了！更牛逼的是，还翻车把雪橇弄坏了，无奈用无线电找柯南求助，柯南又联系了旅馆的人。等待救援的过程中光彦和元太互相责备争吵起来，被柯南阻止：“语言犹如利刃，一时偏差，可能会失去一生的挚友。”运气不错，一名叫武藤的男子开车路过，将众人接回旅馆。原来武藤是来见小学同学的。一共五人，除了武藤，还有女医生冬美，旅馆负责人远野水树，以及事务所要地图的两人，山尾和携带电击棒防身的冰川。这五人不仅是小学同学，关系还特纠结。山尾八年前出过车祸，开车撞死了一名少女，这名少女是水树的妹妹夏树。武藤就是从头至尾反对修建大坝的村民，因此一直对出卖村子的冰川怀恨在心。看着这纠结的五人，众人选择默默回房。
　　睡前小兰向园子说出了新一的电话以及雪地字迹之事，并说觉得新一一直在身边。
　　第二天清早，三个小孩又冲出去了，说要玩打雪仗。柯南和灰原虽然一向PASS，这次却被挑逗得童心大起，一帮小孩从旅馆一直打到医院。昏睡在床上的少年被欢笑声惊醒，开窗，用结结巴巴的日语要求一起玩。这名少年就是八年前坠崖昏死的冬马，昏睡八年后虽然已经十五岁，心智却只有七岁，而且对八年前的事完全没有印象。母亲冬美喜极而泣，而冬马却说“太好了，平安见到妈妈了”。 　　
一行人送冬马去健康检查，毛利大叔看到美丽的水树小姐又开始勾搭了，什么眼镜不好看啊还是隐形好啊，弄得小兰很不爽。没想到午后水树真的换了发型戴了隐形眼镜，带柯南他们去看天鹅。结果在山道上发现了死亡的冰川，电击棒也被夺走了。
　　此时，水树提到了十五分钟生命时间。在雪山中救援，从出事到发现，十五分钟决定生死。
　　新潟警方例行公事，一问都没不在场证明。
　　翌日清早，众人发现冬马在“小黑”的墓前哭。小黑是冬马很喜欢的邻家小狗，八年前发现昏迷在山坡下的冬马的就是小黑。众人安慰他的时候，忽然下起了冰晶，冬马看到冰晶似乎对以前的记忆有所反应，感到头痛。
　　吃过早饭，三个小屁孩就把冬马约出去了，说是去看看天鹅的话说不定会回忆出什么，因为八年前冬马就是拿着望远镜去看天鹅出的事（狐狸发现这三个孩子就是喜欢没事找事，从而推动剧情的前进= =）。柯南到冬马家发现冬马不在，却遇到了冬马的小学同学。那个女孩给柯南一幅蜡笔画，画的是小黑，说是当初冬马送给她的。画是折叠的，画面折在里面。柯南忽然想起那晚冰川说起山尾撞死人的时候，拿出了当时报道的报纸，新闻那面却是朝外。一般来说为了保护内容都会记在里面。起疑心的柯南偷偷进入冰川的房间，拿出那张纸，发现另一面记录的是东京珠宝店抢劫杀人案，跟车祸居然是同一天。
　　是巧合吗？柯南正在思索，外面忽然传来爆炸声，通信塔被炸毁，固话和手机都没法使用。柯南急忙用无线电召回灰原，两人驾驶滑板带着灰原去追冬马。此时冬马他们已经遭到狙击，逃入一个小山洞，这简直是自找死路。柯南和灰原气的教训了他们一顿。但事已至此无可奈何，一行人在山洞中摸索出路。柯南一边急于赶去大坝，一边说了自己的推理。
　　八年前的珠宝店抢劫杀人犯，就是山尾。山尾在东京犯事后，带着珠宝驾车逃回北泽，却在村外撞死了夏树。之后害怕被抓，暴露抢劫一事，山尾将珠宝藏匿在北泽的祖母家中，选择自首交通肇事。但是肇事现场被冬马目击，珠宝也被看到，所以他追杀冬马灭口，导致冬马坠落。没想到等他服刑归来，原来的北泽村已经被淹没在水库里。所以他接下来的计划，很有可能是炸毁大坝。至于冰川，从他收藏的那张新闻来看，他是因为得知山尾抢劫而被杀人灭口的。而在东京恐吓知事炸毁列车，当然是为了嫁祸给反对修坝，对知事怀恨在心的武藤。如今看到有记忆恢复迹象的冬马，他自然淡定不能了。
　　抵达大坝后，柯南让三个孩子陪伴冬马，灰原去找武藤，自己则去事务所通知炸弹一事。没想到事务所人员被电击棒打晕。灰原用无线电 一定要活下来......不要！
联络，说武藤也被电击棒击晕。通话中柯南遭到山尾袭击，一路逃到大坝上。危急时刻，赶到的水树一枪击中山尾的肩头，山尾在争夺引爆器未果之后，被柯南的麻醉枪射中。
　 终于灰原，博士，武藤，冬马，以及三个孩子赶到了。冬马一看到水树不禁失声：“是那个时候的大姐姐！虽然没戴眼镜，但不会错的！”
　“果然是这样，所以你才接受毛利大叔的建议，改发型戴隐形吧。就是为了不让冬马回忆起来。八年前追杀冬马的不是山尾，而是你。”
　　原来八年前在村口，水树与妹妹夏树争吵，失手将夏树推到路中央。恰好此时山尾驾车冲过来，造成车祸。而冬马不幸目击了。 　　“当然，我相信大姐姐虽然因为灭口而狙击冬马，但最终没有杀意。”柯南继续解释，“按刚才大姐姐的身手，不可能一路上都射偏。” 　　真相虽然大白，炸弹却爆炸了（这也是剧场版惯例，破案后平安结束的案子是没有的）。大坝开始泄漏，下游的北泽村岌岌可危。柯南让一行人先逃，自己则踏着滑板在洪流碎石间飞跃，寻找阻止毁灭村庄的方法。闻讯前来的小兰园子以及毛利大叔，看到大坝爆炸，立即调转车头。前面车在逃，后面洪水在追。小兰猛然发现了山道上疾驰的身影：“柯南！” 　　
此时柯南已经决定，靠雪崩促使洪流改道，保护村庄。但浸水的滑板出现异常，冒着黑烟停下来。愤恨不已的柯南跪在雪地上大骂“混蛋”，双拳狠狠地砸在雪地上。受到大吼震动的山体开始巨颤，雪崩爆发。柯南强制启动滑板在山道上左冲右突，企图逃避雪崩。小兰更是恐惧地大喊“快逃啊柯南君！”
　　在柯南驾驶滑板一跃而起的瞬间，他看到了从车窗探出头惊恐交加满是担忧的脸。
　　“兰……”
　　随后柯南被雪崩吞没。小兰叫得撕心裂肺。
　　雪崩成功地阻碍了洪流，挽救了村庄。一行人开始了挖掘柯南的行动。埋在雪下的柯南虽然听到小兰的呼喊，却动不了，也出不了声，再次昏迷过去。
　　小兰拿出手机拨打柯南的电话，双手一直在颤抖：“求求你，一定要接通。”
　　来电铃声响了，大家迅速循声找寻。小兰刨出了柯南的手机，但挖得十指鲜血淋漓，也不见柯南的身影。 　　
十五分钟生死时间，只剩一分钟不到。
　　绝望的小兰留着眼泪拨打了新一的号码，带着哭腔大喊：“如果你就在身边的话，请救救我们，新一！”
　　感到手机震动的柯南再次苏醒，拼尽力气按了腰带的按钮。足球破雪而出，从而告知了自己的所在。众人终于将其救出。小兰抱着柯南泪流满面。
　　最后，该进局子喝茶的去喝茶，该回家的回家，该买礼物的买礼物，该疗养的去疗养。毛利大叔依然催促着大家快点回东京，因为他要赶着回去看洋子的节目……over。
　　最后的最后，柯南剧场版第十六弹，制作决定！

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