在森林的入口，「雪成」與少女「永久」邂逅了。接受了永久說的「如果你聽到了森林的聲音，就不能亂走動」的忠告後，雪成走進了森林。雪成在森林裡為了守護被獵人追捕的「雪拉比」，被「穿梭時空的力量」卷入，帶到了40年後的未來。在40年後的世界，雪成認識小智他們。但是在這世界裡，火箭隊史上最強的男人「比夏斯」正打算捕獵雪拉比。比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智與雪成拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化……激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝「水君」出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢！