故事的开端相信很多人通过DS游戏已经了解到了 一项不行的大雄在后山丢了0分考卷 然后到处找 不小心摔倒之后在一棵树苗上找到了卷子 十分感激小树苗的大雄看到孤零零的树苗起了怜悯之心 找地方想要种下 可是到处都是工地 家里妈妈又不让
于是正在整理道具做检修准备的哆啦A梦拿出了植物自动化液 小树第二天活了起来 起名叫树小子 大雄那他当亲兄弟搬看待 家人和朋友们也渐渐认识并接纳了树小子
大雄和朋友们带着树小子一起在后山愉快的玩耍 时间都觉得不够用 于是哆啦A梦拿出时间门 让时间慢下来 不过道具检修的时候到了 在哆啦美的催促下 大部分道具都送去检修了 不过有了时间门 他们还是玩的很开心
一天几个伙伴们在后山看到了奇怪的植物 然后突然就被UFO吸走 奔向了宇宙
当他们再次汇集的时候 却发现树小子不见了 而身边到处都是后山的植物还看到了植物星上的人 貌似友好的植物星人带大雄他们来到了绿之星·Green 这里到处都是植物样子的人令他们感到很惊奇
与此同时 树小子掉落在另外的地方 遇到了一个脾气不怎么好的少女 而且顽皮的树小子似乎惹怒了她 不过好在有位长者帮他解了围 长老了解到树小子想找大雄的心情
来到绿之星的大雄他们 被带往参加一个议会 主持会议的正是绿之星的公主 莉蕾 大雄他们都觉得她很漂亮 会上各种植物星人都在为地球上植物的悲惨境遇感到叹息 有人希望让地球上的植物都到Green上安家 讲到对地球不利的地方时 几个伙伴激动的喊了出来 于是议会一片混乱 几经挣扎才终于逃了出来 不过绿之星的人也紧追不舍 公主在坐叶子上飞着跟进 一个不小心 莉蕾的叶子翻出了很远 然后绿之星的植物兵们找不到公主和地球人们了 一直想要让绿色巨人复活毁掉地球上的动物的希拉对手下们说 是地球人绑架了公主 要讨伐地球 同时也有让树小子成为绿色巨人的“核”的想法 （预告片里边莉蕾说的那句一切为了绿色，漫画里是希拉说的）
大雄他们在逃跑的路上遇到了树小子 而树小子一开始惹怒的就是公主莉蕾 之后莉蕾跟他们一起来到了一个村子 在村子里边他们听到了保护绿色的绿巨人的传说 莉蕾非常不屑的讲绿巨人是很可怕的怪物 不过 这短暂的相处 也让莉蕾认识了这样几个可爱的地球人 他们一起来到地球 大家发现地球上的时间是完全静止的稍微放松了一下 而树小子被抓住了
希拉要让绿巨人复活 而莉蕾说她没有下达命令谁也不能这么做 然而最终他还是让树小子成为了绿巨人的“核” 开始破坏地球 伤心至极的大雄哭喊着说 树小子 你不记得了吗 我是大雄啊 见绿色巨人无动于衷的样子 大雄又吹起了他们一起在后山玩时可以吹出旋律的叶子 绿巨人真正的觉醒了 打败了恶势力 而莉蕾也终于在父王过世很久之后懂得了掌管绿色议会的好的方式 相信她会成为好的国君吧
恢复平静的地球上 大雄和哆啦A梦在后山吹着叶子 本不让在庭院种植物妈妈看到大雄好好的把小苗养了起来也会心一笑