假若明天这场战争能够结束？难道不值得为之战斗吗？难道不值得为之牺牲吗？当尼奥提出墨菲斯和崔妮蒂以前都问过的问题时，他做出了一个代价很大的决定，他要寻找并接受真相，将他的灵魂从母体中释放。一切都从“选择”开始。现在，当人类最后的城市锡安陷入机器军队的包围时，尼奥充分发挥了他的超能力。短短几个小时要把人类最后的领土从25,000个专门摧毁人类的电脑哨兵手中解救出来。不过，墨菲斯的信念鼓舞了锡安的人们，他们相信“救世主”尼奥将实现先知的预言，结束与机器们的战争。他们把所有的希望都寄托在尼奥的身上。而尼奥在寻找行动的方向时，发现自己陷入令人烦恼的幻觉之中。为爱情和信念所激励，尼奥和崔妮蒂选择了与墨菲斯一起回到母体，运用他们非凡的技巧和装备，对抗电脑系统的压制和利用。然而，母体内部存在着强大的力量反对他们的自由抉择。与此同时存在的还有被母体流放的特工史密斯，因为与尼奥解不开的联系迫使他违背系统，导致他被系统删除。一度被他轻视的“人性”驱使他向尼奥进行无穷无尽的复仇。在进一步了解母体结构的危险旅途中，作为人类命运的关键人物，尼奥将遭遇更大的对抗，面对他无论如何都想象不到的，更惊人的真相和更加困难的选择。在爱情与真相、信念与知识、目的和动机交错之中，尼奥必须顺着自己选择的方向走下去。“如果我无能为力？”他问，“如果我失败了呢？”那么，锡安就会陷落。