狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛丽亚以及企鹅们，被困在马达加斯加岛上进退两难。为了离开这个荒无人烟的岛屿，企鹅们开始维修一架破旧的失事飞机，并准备驾驶这架飞机带众动物离开马达加斯加岛。由于维修技术欠佳，导航技术不过硬致使飞机坠落在了非洲大草原上。 在这片众多动物赖以生存的大草原上，狮子亚历克斯见到了它的父母，但由于生活上太多习性的改变，加之言行举动各异，使他们显得格格不入。这个昔日纽约中央公园里绝对的明星，懂得如何作秀，如何表演，如何博取观众掌声的“狮子王”却不懂得如何在广袤的非洲平原上求生；而曾经一度想回归大自然的斑马马蒂，在真的拥有自由后却并没有得到想象中的快乐，因为它已经习惯了公园里的一切而不自知；河马格洛丽已渐成熟，她逐渐懂得了和朋友之间的关系需要用心去经营的道理；长颈鹿迈尔曼不仅知道了自己可以属于长颈鹿中的优良品种，更加看明白了自己对河马格洛丽的真感情…… 野外艰难的环境使这些曾经被在公园里“娇惯”和“宠坏”的动物们越发的想念曾经的安逸和舒适。尽管在这里遇见了自己的同类，但习性上太大的差异使他们无法真正地融入他们的同类群体中。而在面对恶劣环境时，这四个曾经的“难兄难弟们”的友谊也在经受着考验。以上种种的不适，使他们开始有些想念以前花了大力气才得以逃出的纽约中央公园……