西历2059年，计划寻找新天地的银河移民船团“macrossfrontier”上，一名以驾驶员为目标而努力的少年早乙女阿尔特感受到了前所未有的闭塞感。这个时候，位于银河顶端的歌姬雪莉露·诺姆来到船团举行巡回演唱会，阿尔特以及憧憬着雪莉露的少女兰花·李当天都来到了会场。然而演唱会当中，却突然遭到重机架生命体的袭击。为了保护少女们，阿尔特登上了最新型可变战斗机VF-25。在战火烽烟的尽头，传说中可以震撼宇宙的“歌”以及纠缠着少女们的“迷”究竟是什么……？

公元2059年，航行中的MacrossFrontier迎來了偶像歌手雪露?諾姆舉辦的銀河巡迴演唱會的最後一場，少女蘭花·李去看偶像的演唱會……

在宇宙中，MacrossFrontier突然遭到了身份不明的宇宙怪獸的攻擊，蘭花的兄長奧茲馬受命率領S.M.S的VF-25緊急迎戰，可是新統合軍仍然節節敗退。

並且有宇宙怪獸突破了防線，攻入殖民衛星內部，威脅著少女蘭花的生命，這時候，有一架受損的VF-25戰機出現在飛行候補生早乙女的面前……