十年后，银河系重新处于一片混乱和动荡之中。在暗中投靠西斯的绝地武士杜库伯爵的策动下，几千个太阳星系决定一起脱离银河系共和国独立。议长帕丁极力主张共和国组成临时军队攻打分离主义份子，担任共和国议员的帕德梅·阿米达拉·激烈地反对这种以暴制暴的策略。这时，接连发生了针对帕德梅的未遂刺杀事件。奥比旺派出阿纳金负责保护阿米达拉的安全，而自己根据刺客留下来的线索，只身追踪到卡米诺星球。他意外地发现卡米诺十年前就开始秘密为共和国建造庞大的克隆人军队。是谁瞒着共和国议会做出这个诡秘的决定，意欲何为？随后，奥比旺遇到作为克隆人母体的凶残的赏金猎人父子追杀，双方在大雨中展开激战，奥比旺险象环生。 与此同时，在阿纳金护送阿米达拉前往安全避难所的路途中，一种微妙的感情开始在两个年轻人心里滋生……奥比旺追踪赏金猎人，发现杜库伯爵和贸易联盟勾结进攻共和国。帕丁议长利用这一危机事态，取得了共和国议会授予的紧急处置权，并顺势发布了征调克隆人军队参战的命令。 杜库伯爵的机器人军队被强大的克隆人军队摧毁殆尽，武功高强的杜库却冲破了阿纳金师徒以及尤达大师的包围，逃之夭夭。战争结束后，克隆人军队顺理成章地成为共和国中最强大的一股力量，议长帕丁也获得了巨大的权利。克隆人与机器人之间的战争终于爆发。 共同患难的阿纳金和帕德梅已如胶似漆，阿纳金不惜违反了绝地武士禁止结婚的戒律，与帕德梅在纳布星私定了终身。婚礼的幸福画面上，阿纳金那被杜库伯爵砍断的手臂，似乎在隐隐地预示，这将是一个以悲剧收场的婚姻。