《超能英雄》第一季主要描述一群平凡人如何变得不平凡；而第二季将主要描写这群与众不同的人怎样尝试变回平凡人。为了重新过上普通人的生活，“英雄”选择了逃避，纷纷离开纽约，却有一股新的邪恶力量出现，企图围捕英雄们，让他们做平凡人的美梦破裂。 啦啦队长克莱尔和养父班奈特一家重聚，为了躲避神秘组织H.R.G，他们隐居在加州，尽可能不引人注意，可是事与愿违，克莱尔第一次谈起恋爱，却发现男友维斯特身上有着组织H.R.G的“标签”。“暴力女”妮基不再人格分裂，她学会控制自己的力量，一心想和儿子过上新生活，却发现自己被暗中监视…… 和逃亡相对应的，是反派对英雄们的追杀。从预告片中可以看到，“开脑狂人”塞勒并没有死，他将继续追杀各位英雄，通过剖开他们的脑壳从中获得超能力。同样在寻找“英雄”的神秘组织H.R.G的真面目也进一步被揭开。原本的首脑林德曼在第一季中被杀，而阿宽的父亲Kaito——组织的另一位领导人的戏份将大大加强。另外，似乎还有新出现的第三方邪恶力量代表…… 在追与逃的过程中，惊心动魄的故事逐渐展开。